Одно из старейших учебных подразделений Cеверо-Восточного федерального университета им. М.К. Аммосова ˗ биолого-географический факультет был основан в составе Якутского педагогического института в 1938 году под названием Естественный факультет. С 1956 г. факультет вошел в состав Якутского государственного университета. В 1960 году был переименован в биолого-географический факультет. С 2010 г. является структурным подразделением Северо-Восточного федерального университета им. М.К. Аммосова.

Институт естественных наук СВФУ является правопреемником биолого-географического факультета СВФУ; является интеллектуальным центром системы высшего и послевузовского профессионального образования Российской Федерации на территории северо-востока России, в области биологии, химии, географии, экологии и педагогики (по вышеуказанным направлениям подготовки). В целях развития своей основной работы институт осуществляет современную образовательную, научно-исследовательскую, социально-культурную и просветительскую деятельность на основе создания единой инновационной и информационно-коммуникационной среды образования, науки, практики и производства.