Институт состоит из биологического, химического, эколого-географического и педагогического отделений. Институт имеет в своем составе учебно-методический отдел, учебные, учебно-научные и научно-исследовательские лаборатории, кабинеты, Центр непрерывного естественнонаучного образования, учебные полигоны, научно-образовательный центр, Ботанический сад и Зоологический музей СВФУ.

 11 лабораторий и международный научно-образовательных центр: Учебно-научная лаборатори­я «Молекулярн­о-генетическ­ие и клеточные технологии»­; Учебно-научная лаборатори­­­я электронны­­­х картографи­­­ческих систем; Учебно-научная лаборатори­­­я ландшафтов­­­едения; Учебно-научная лаборатори­­­я озероведен­­­ия холодных регионов; Учебно-научно-технологич­еская лаборатори­я «Технологи­и полимерных­ нанокомпоз­итов»; Учебно-научно-технологическая лаборатория «Механохимические биотехнологии»; Российско-германская лаборатория по изучению экологического состояния Арктики (Биологический мониторинг Биом); Учебно-научная лаборатория экологических технологий и рационального природопользования "Экотехнополис"; Учебно-научная лаборатория мерзлотного лесоведения и дендроэкологии; Научно-исследовательская лаборатория молекулярной биологии; Лаборатория экологии и устойчивости экосистем Севера; Международный научно-образовательный центр по биогеохимии и климатологии - BEST. 

Кадровый потенциал.

В данное время в институте 82 штатные единицы профессорско-преподавательского состава. Из основных сотрудников института 15 докторов наук и 57 кандидатов наук (кроме этого на эти ставки привлечены внешние сотрудники 4 доктора наук и 23 кандидата наук). На учебном подразделении в отделениях и лабораториях работает 108 сотрудников учебно-вспомогательного состава и 10 научных сотрудников. Ряд научных сотрудников и заведующих учебно-научными лабораториями имеет степень кандидата и доктора наук. В ботаническом саду работает 19 человек, из них 5 кандидатов наук.

Планируется регулярно проводить обмен сотрудников с ведущими университетами и подготовка новых научно-педагогических кадров для повышения их профессиональных качеств. В данное время в аспирантуре обучается 10 сотрудников на очном отделении и 20 на заочном отделении. Общий процент кадров со степенью доктора и кандидата наук в институте составляет около 65%. С привлеченными кадрами  72%. В ближайшие годы запланированы ряд защит кандидатских и докторских диссертаций сотрудников подразделения.

На базе института работает диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальности 03.00.08 «Экология». На этом совете за последние годы 5 лет защитилось 5 докторов наук и 20 кандидатов.