Учебно-методический отдел Института математики и информатики функционирует с 1999 года. Большой вклад в развитие и совершенствование работы учебно-методического отдела внесли А.А. Кириллина, которая проработала начальником отдела с 1999 по 2007 гг., С.З. Винокурова, руководившая внеучебной работой ИМИ с 1999 по 2011 гг.

Основной целью учебно-методического отдела является организация учебного процесса в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами.

Исходя из цели, учебно-методический отдел института обеспечивает организационно-методическое руководство учебным процессом, создает условия для усвоения обучающимися образовательных программ высшего и профессионального образования по специальностям и направлениям института, работает над созданием системы взаимосвязанных мер, направленных на интеллектуальное, культурное и нравственное развитие студента. Вопросы обеспечения качественной профессиональной подготовки специалистов в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами, создания эффективной системы информационного обеспечения, подготовки нормативной документации, регламентирующей учебно-методическую, воспитательную деятельность института, решаются в тесном взаимодействии с кафедрами ИМИ, с подразделениями университета, курирующими эти области.