Зоологический музей был основан при кафедре зоологии биолого-географического факультета. Основателем музея является первый заведующий кафедры зоологии Ларионов Прокопий Дмитриевич, ветеран Великой отечественной войны, кандидат биологических наук, доцент. Работая заведующим кафедрой (1949-1964гг.), он внес неоценимый вклад в создании и становлении музея.

Зоологический музей начал официально функционировать внутри кафедры зоологии с 1968 г., когда биолого-географический факультет переехал из старого помещения в новое здание университета – в Главный корпус. Сюда были перевезены все имевшиеся на кафедре чучела, муляжи и законсервированные в формалине тушки рыб, земноводных и рептилий.

В первые годы создания музея материала было, естественно, немного. Весомым вкладом стали экспонаты, предоставленные в дар Московским государственным университетом имени М.В. Ломоносова при открытии Якутского государственного университета.

Первыми экспонатами, изготовленными самими студентами и преподавателями, были чучела птиц и млекопитающих Якутии. Очень интересный материал был собран студентами и преподавателями во время прохождения дальних учебных практик. Таковыми являются коллекции морских беспозвоночных из Приморья и Северного моря, уникальных эндемиков озера Байкал и некоторые другие.

К концу семидесятых - началу восьмидесятых годов ХХ века в музее накопился значительный материал, позволявший создать тематические диорамы, такие как, «Фауна околоводных животных», «Красная книга Якутии», были начаты работы по созданию экспозиции «Фауна леса».

Лабораторией энтомологии Института биологии СО РАН СССР были предоставлены богатая коллекция насекомых Якутии и уникальных чешуекрылых Японии.

Штатная единица зоолога музея была выделена 1967г. Первым заведующим стал Петр Петрович Колосов, после работал учителем Павловской средней школы Мегино - Канагалаского улуса.

Затем работу с 1979 г. продолжил Николай Петрович Прокопьев. В стенах кафедры он поступил и окончил аспирантуру, защитил кандидатскую диссертацию и в настоящее время работает старшим научным сотрудником Института прикладной экологии Севера СВФУ.

После Н.П. Прокопьева зоологом работал Борис Игнатьевич Сидоров, ныне кандидат биологических наук, доцент кафедры экологии БГФ, лауреат Государственной премии Республики Саха (Якутия). Под его руководством были созданы диорамы «Водная экосистема», «Красная книга Якутии».

Значительный вклад в создании экспонатов внес Николай Егорович Слободчиков, прекрасный художник и таксидермист.

С 1993 г. по 1995 г. музеем заведовал выпускник кафедры зоологии Алексеев Яков Афанасьевич.

К моменту переезда факультета в здание Корпуса факультетов естественных наук (КФЕН) (1996г.) накопилась большое количество экспонатов и научных коллекций черепов, скелетов, шкурок, тушек млекопитающих и птиц, коллекций разных групп позвоночных.

В 1996-1997 гг. заведующим музеем работал Семен Егорович Григорьев, ныне кандидат биологических наук, директор музея «Мамонта» Института прикладной экологии Севера СВФУ. Благодаря совместной настойчивости С.Е. Григорьева и заведующего кафедрой зоологи Иннокентия Иннокентьевича Мордосова в новом корпусе были выделены первоначальные площади музею.

В 1998 г. должность заведующего зоологическим музеем кафедры зоологии стал Анатолий Данилович Макаров. А.Д. Макаров - ученик основателя Музея природы с. Эльгяй Сунтарского улуса, выдающегося мастера по изготовлению чучел, автора ряда книг по орнитологии Бориса Николаевича Андреева.

В 2009г. Зоологический музей кафедры зоологии БГФ был реорганизован по решению Ученого совета ЯГУ (№06 от 04.03.2009г.) в отдельное структурное подразделение университета. Директором музея назначили кандидата биологических наук Вадим Юрьевич Чибыев. За время работы он развил его и увеличил экспозиционную, общую площадь музея и материально-техническую базу.

В настоящее время в экспозиции музея представлены 18 эколого-фаунистических диорам и более 177 видов чучел птиц и 33 млекопитающих со всех улусов нашей республики. Основа экспонатов – орнитологические коллекции, собранные на территории республики, которая является крупнейшим собранием на северо-востоке России.

Эколого-фаунистические диорамы в количестве 8 штук располагаются в холлах КФЕН по этажам: «Белые медведи», «Снежные бараны», «Фауна тундры», «Кольчатые нерпы и розовые чайки», «Хозяин тайги», «Тундра весной», «Косули», «Охота волков на лося». Внутри демонстрационного зала музея 10: «Глухари», «Весенний ток тетеревов», «Охота полярной совы», «Крупные гусеобразные Якутии», «Гуменники и турпаны», «Беркут с добычей», «Росомаха, подкрадывающаяся к кабарге», «Соболь и лисица», «Рысь», «Бобер».

Чучела с необыкновенной, не характерной для вида окраской – полные или частичные альбиносы или меланисты. Так, у посетителей всегда вызывают интерес чучела белой и пегой белки, белых и почти белых ондатр, абсолютно белого чирка-свистунка, есть даже белая бурозубка, добытая студентами на практике и группу лисиц – от белой до черной. В этой группе интереснейших экспонатов можно найти и противоположный случай – абсолютно черного зайца-беляка.

Особое место в музее занимает собранная коллекция «кунсткамера – аномалии, мутации»: голова косули с одним рогом посередине лобной кости в виде цветка, череп лося с шишковатыми наростами вроде древесного капа вместо нормальных рогов, ондатра с пятью конечностями, лисенок с двумя головами и т.п.. Такие явления не только повод по удивляться чудесам природы, но и предоставляют научный интерес для выяснения причин, вызывающих подобные аномалии.

Основное направление деятельности музея - сбор и научная обработка зоологических коллекций, совершенствование экспозиционной части и развитие на этой основе воспитательной – просветительской работы, способствующей экологическому образованию и популяризации идей охраны и рационального использования природных ресурсов республики Саха (Якутия).

На базе музея согласно учебным планам Биолого-географического факультета проводятся лекционные и практические занятия для студентов по зоологии беспозвоночных и позвоночных, спецкурсы.

В 2013 г. при музее создан инсектарий (живые экспозиции) – это новое направление в музейном деле, которое на общественных начала с 2009 г. создавать Н.Н. Килибеева. 

Главной целью инсектария является обеспечение учебного процесса натуральными пособиями (живыми объектами). Задачей является введение видов в культуру (зоокультура) изучение современных направлений и методов разведения животных в искусственных условиях, изучение особенностей их содержания, кормления и т д. 

В инсектарии содержатся более 30 видов представителей живой фауны. В живых экспозициях представлены как водные (моллюски, тритоны, лягушки, рыбы, черепахи и др.), так и наземные животные (насекомые, паукообразные, ящерицы и др.). Экспозиции подразделяются на отдельные блоки (сухопутные беспозвоночные, аквариумные рыбы, земноводные, пресмыкающиеся, птицы и т. д.).

Сотрудниками ведется научно-исследовательская работа по изучению описание и систематизация предметов находящихся в музейном фонде, участвуют госзаказах и грантах, в работе СМИ (телевидение, радио).

Ежегодно музей посещают более 12,0 тыс. посетителей, проводится экскурсии по разной тематике для школьников и студентов.

Устанавливаются творческие связи с министерствами и ведомствами, НИИ, музеями других ВУЗов, изучается и обобщается их опыт.

Ведется работа по формированию собственной библиотеки с фондом учебной и научной литературы.

На сегодняшний день общая площадь музея составляет всего - 410,08 м²; экспозиционная выставочная площадь – 334,38 м²; площадь под хранилище фондов - 22,0 м² и другие помещения - 53,7 м². Основном фонде музея более 300 единиц хранения, научно-вспомогательном – более 10 тыс. черепов, скелетов и т.д.