Координирует деятельность Фонда Наблюдательный совет, утвержденный Правительством Российской Федерации.

Основными задачами Фонда являются:

-  проведение государственной политики развития и поддержки малых предприятий в научно-технической сфере;

- оказание прямой финансовой, информационной и иной помощи малым инновационным предприятиям, реализующим проекты по разработке и освоению новых видов наукоемкой продукции и технологий на основе принадлежащей этим предприятиям интеллектуальной собственности;

- создание и развитие инфраструктуры поддержки малого инновационного предпринимательства;

- содействие созданию новых рабочих мест для эффективного использования, имеющегося в Российской Федерации научно-технического потенциала;

- привлечение внебюджетных инвестиций в сферу малого инновационного предпринимательства;

- подготовка кадров (в том числе вовлечение молодежи в инновационную деятельность).

В настоящее время Фонд реализует программы инновационного развития, которые направлены на создание новых и развитие действующих высокотехнологических компаний, коммерциализацию результатов научно-технической деятельности, привлечение инвестиций в сферу малого инновационного предпринимательства, создание новых рабочих мест.

Реализуя данные задачи, Фонд ежегодно оказывает финансовую поддержку более чем 1500 малым инновационным предприятиям.

За время деятельности Фонда по всем программам поступило свыше 55 000 заявок, заключено более 13000 контрактов на выполнение НИОКР, поддержано более 12000 молодых инноваторов, создано более 4500 стартапов. 

Участие малых инновационных предприятий в программах Фонда позволяет довести разработку от научной идеи до создания устойчивого бизнеса, привлекательного для отечественных и зарубежных инвесторов. Инновационные проекты предприятий проходят независимую экспертизу на научно-техническую новизну, финансово-экономическую обоснованность, перспективу рыночной реализации продукции.

Региональные представители Фонда активно работают в 68 регионах Российской Федерации.

Основными приоритетами деятельности Фонда в ближайшие годы станет:

- реализация программ, направленных на поддержку малых инновационных предприятий, реализующих научно-технические проекты,  соответствующие приоритетным направлениям модернизации  и технологического развития Российской Федерации;

- увеличения масштабности программ посевного и предпосевного финансирования, вовлечение молодежи в инновационную деятельность;

- в качестве функциональных приоритетов для Фонда будет является устойчивое взаимодействие с институтами развития, а также активное участие в реализации механизма инновационного лифта и поддержка малых инновационных предприятий, созданных в соответствии с №217-ФЗ;

- дальнейшее развитие региональной сети представительств Фонда, вовлечение новых регионов в инновационный процесс;

- оказание финансовой поддержки в виде грантов субъектам малого инновационного предпринимательства, осуществляющим создание и продвижение центров сертификации и патентования результатов интеллектуальной деятельности субъектов малого инновационного предпринимательства;

- содействие развитию экспортно-ориентированного малого инновационного бизнеса и международной кооперации, что позволит расширить возможности для интеграции российских малых инновационных предприятий в международную инновационную среду на основе развития взаимодействия с существующими партнерами Фонда и привлечения к сотрудничеству новых международных организаций.