НИЦ имеет многолетние научные связи с зарубежными и отечественными научными центрами: Институт неврологии, г.Бетезда, Северо-западный, Орегонский, Канзасский университеты США; Университет Хойенхайм (Германия), Центр изучения Крейцфельдта-Якоба, Шотландия; Университет г. Ульма Германия; Департамент патологии и молекулярной медицины Королевского университета Канады; Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова РАН; Центр геномной биоинформатики им. Добржанского, Санкт-Петербурский университет, Университетом Левен (Бельгия), ООО «Кномикс- БИОТА» при Инновационном центре в Сколково (Москва), ФГБУ «Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева» МЗ РФ, ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора», Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН Новосибирск; ФГБУН «ФИЦ питания и биотехнологии» и др.