Кафедра педиатрии первоначально была образована в 1962 году, основателем была профессор Т.Т.Крылова. На кафедре проходили обучение студенты медико-лечебного факультета (МЛФ) Якутского госуниверситета. Подготовка врачей – педиатров проводилась в 80-е годы из числа студентов лечебного факультета в количестве 10 человек.
В связи с дефицитом врачей педиатров в республике Саха (Якутия) в 1991 году при МЛФ было открыто педиатрическое отделение (25 студентов), затем педиатрический факультет. Открытие педиатрического факультета потребовало создание новых кафедр. Таким образом, в 1996году была открыта кафедра детской хирургии, которая находилась в составе кафедры педиатрии. В 1998 году из состава кафедры педиатрии отделилась кафедра пропедевтики детских болезней. С 1998 года кафедра педиатрии существует как самостоятельная кафедра, с 2008 года переименована в кафедру педиатрии и детской хирургии.
Заведующим кафедрой с 1997года был В.А.Павлов, кандидат медицинских наук, доцент. С2002года по 2008год заведующий кафедрой являлась кандидат медицинских наук, профессор Н.Н. Барашкова. С 2008года по 2014год заведующий кафедрой являлась доктор медицинских наук, профессор Иванова О.Н. С 2014года заведующий кафедрой является доцент, кандидат медицинских наук Мунхалова Я.А.
Кафедра проводит большую методическую работу по повышению качества подготовки студентов и врачей. С 1999года сотрудники активно участвуют в работе международных, российских, межрегиональных симпозиумах и форумах.
Сотрудниками кафедры ведется большая работа по оказанию помощи практическому здравоохранению: лечебная, консультативная и методическая помощь в выполнении научных работ практическими врачами (оформление статей, докладов). Преподаватели участвуют в организации и проведении врачебных конференций на клинических базах, в рецензировании квалификационных работ, рецензировании историй болезни и др.
Сотрудники кафедры активно включаются в общественную жизнь института, участвуют в работе по внедрению ЗОЖ среди работников института, других подразделений ЯГУ, среди студентов и школьников.