Кафедра математической экономики была организована в 1994 году на базе кафедры математической кибернетики, открытой первым доктором по математике из числа представителей коренного населения Якутии, профессором Томским Григорием Васильевичем. Основателем кафедры математической экономики является Алексеев Николай Кириллович, к.ф.-м.н., профессор, ветеран высшей школы и спорта, мастер спорта СССР, заслуженный тренер ЯАССР, обладатель кубка им. И.М.Поддубного, победитель и призёр чемпионатов мира и России среди мастеров вольной борьбы, самбо, слада и по ДИП «Сонор», лауреат спорта 20-го века РС(Я), лауреат государственной премии им. Д.П.Коркина в области физической культуры и спорта, почётный работник ВПО РФ, почётный гражданин Намского района.

Заведующими кафедрой работали: Алексеев Н.К. (1994-1998 гг.), Местников С.В. (1998-2003 гг.), Кайгородов С.П. (2003-2008 гг.), Набережная А.Т. (2008-по настоящее время).

Кафедра имеет учебно-методический кабинет. Первой в должности зав. кабинетом многие годы работала Афанасьева Мария Афанасьевна, выпускница ФМФ ЯГУ, работавшая в университете сорок лет. С 2005 года по настоящее время работает зав. учебно-методическим кабинетом Ковальска Варвара Николаевна, руководитель клуба «Интеллект» ИМИ.

Кафедра математической экономики с 1 сентября 2008 г. была реорганизована в кафедру математической экономики и прикладной информатики ИМИ. Кафедра МЭПИ является выпускающей по направлению подготовки бакалавров 230700 «Прикладная информатика». Профили: «Прикладная информатика в экономке», «Прикладная информатика в менеджменте», «Прикладная информатика в государственном и муниципальном управлении» и и магистрантов  09.04.03 по направлению "Прикладная информатика". Профили: «Прикладная информатика в экономике и управлении», «Прикладная информатика в юриспруденции»,

В 2016-2017 учебном году в профессорско-преподавательском составе кафедры работают: 1 профессор-наставник,  9 доцентов, 9 старших преподавателей. 

1. Неустроев Сергей, гр. ПИЭ-08, руководитель группы корпоративных клиентов в Сбербанке;

2. Луцкан Сергей, гр. ПИЭ-05-1, начальник отдела в Окружной Администрации г. Якутск

3. Бурнашев Степан, гр. ПИЭ- 05-2, известный кинорежиссер

4. Степанова  Куннэй, гр. ПИЭ-09, Лучший магистрант СВФУ-2015 г.