В целях повышения качества учебно-методической деятельности, научно-исследовательской и спортивно-массовой работы кафедра МСиСОТ тесно взаимодействует на основании договора о сотрудничестве с организациями и ведомствами:

- Клайпедский университет (Республика Литва);

- Российский государственный университет физической культуры, спорта, туризма и молодежи (Москва);

- Национальный государственный университет физической культуры, спорта и здоровья им. П.Ф. Лесгафта (Санкт-Петербург);

- Чурапчинский государственный институт физической культуры и спорта;

- Министерство по физической культуре и спорту РС (Я);

- Министерство предпринимательства, торговли и туризма РС (Я);

- Министерство по делам молодежи и семейной политики РС (Я);

- Национальный парк «Ленские столбы»;

- Общеобразовательные организации РС (Я);

- Детско-юношескими спортивными школами РС (Я).