В конце 70-х годов, в связи с острой нехваткой специалистов по физической культуре в республике, перед правительством встал вопрос об открытии при педагогическом факультете отделения физического воспитания. В то время единственным учебным заведением, выпускающим учителей физической культуры, было отделение физического воспитания Якутского педагогического училища.

В 1982 году при педагогическом факультете Якутского государственного университета (ЯГУ) было открыто отделение физического воспитания, готовящее учителей физической культуры с приемом 50 студентов. В течение нескольких лет наряду с отделением физического воспитания также функционировало отделение начальной военной подготовки, выпустившее специалистов в области физического воспитания и военного дела.

Преподавательский состав был укомплектован преподавателями кафедры физического воспитания университета. Отделением руководила кафедра спортивных дисциплин и теоретических основ физического воспитания. Первым заведующим кафедрой стал профессор Н.К. Шамаев. 

Среди преподавателей того времени выделялись доценты З.Н. Оегостурова, Ю.М. Винокуров, Г.А. Кузьменко, старшие преподаватели А.Н. Гоголева, С.А. Егоров и А.В. Труфанова.

В 1996 году на базе отделения физического воспитания при педагогическом институте ЯГУ был организован факультет физического воспитания с приемом 40 человек на очное обучение и 20 человек на заочное обучение. Деканом факультета вновь был избран доцент Н.К. Шамаев. Подготовка учительских кадров осуществлялась в четырех кафедрах: биологических основ физического воспитания, спортивно-педагогических дисциплин, теоретических основ физического воспитания и гимнастики, а также кафедре физического воспитания. В течение 14 лет было подготовлено более 600 учителей физической культуры. В эти годы кандидатские диссертации защитили Д.Н. Платонов, А.А. Федоров, Г.А. Кузьменко, И.И. Портнягин, Н.Н. Платонов, М.И. Лыткин и Е.В. Алаас. Преподавательский состав пополнили выпускники С.В. Сабарайкин, М.Г. Колодезникова, А.Е. Тарасов, А.А. Сергин, Д.А. Пахомов, М.О. Борисова, В.И. Егоров и З.И. Пангельская.

Учитывая качество подготовки специалистов на факультете физического воспитания ПИ, соответствующее требованиям ГОС, указом Президента РС(Я) № 672 от 3 февраля 1999 года факультету был повышен статус до института и переименован в Институт физической культуры и спорта. С первых дней институт возглавлял опытный руководитель Д.Н. Платонов, сумевший сплотить коллектив творческих и инициативных педагогов, развить образовательный, научный и материально-технический потенциал института. В составе института было четыре кафедры: кафедра теоретических основ физического воспитания и гимнастики, кафедра спортивно-педагогических дисциплин, кафедра медико-биологических основ физического воспитания и кафедра физического воспитания. В 2001 году были открыты кафедры: кафедра спортивной борьбы и кафедра национальных видов спорта и народных игр; в 2004 году — кафедра спортивных игр, легкой атлетики и зимних видов спорта.

С 2020 года институтом руководит кандидат педагогических наук, доцент Гоголев Николай Ефимович. Он был назначен директором Института физической культуры и спорта Северо-Восточного федерального университета имени М.К. Аммосова. Под его руководством институт активно развивает образовательные программы и научные исследования в области физической культуры и спорта, а также внедряет современные подходы к обучению и подготовке специалистов по физической культуре и спорту. 

Сегодня Институт физической культуры и спорта является одним из крупных подразделений университета, где обучается около 800 студентов. Институт осуществляет подготовку учителей, тренеров, инструкторов и других специалистов в сфере физической культуры и спорта. Институт стал передовой кузницей подготовки спортсменов высокого класса, ежегодно добиваясь значительных спортивных результатов на республиканских, дальневосточных и всероссийских чемпионатах.

В 2024 году в институте действуют следующие структуры: кафедра «Физическое воспитание», кафедра «Национальные виды спорта, медико-биологические дисциплины и безопасность жизнедеятельности», кафедра «Спортивно-педагогические дисциплины и туризм», кафедра «Теория физической культуры и спорта», Спортивно-оздоровительный комплекс и Учебно-научный центр кинезиологических исследований и оздоровительных технологий. 

Институт активно развивает научно-исследовательскую деятельность, участвуя в различных грантах и конкурсах. Открытие диссертационного совета 24.2.396.05 по специальности «Теория и методика физического воспитания» также подчеркивает стремление к развитию научного потенциала.