• ЭИОС

Учебно-научная лаборатория биофизики

Cоздана в 2012 году на базе кафедры общей и экспериментальной физики.

Учебно-научная лаборатория биофизики занимается изучением механизмов регуляции фотосинтеза и адаптации фотосинтетического аппарата высших растений и водорослей к условиям среды.

Материальная база лаборатории биофизики содержит современный комплекс флуоресцентной аппаратуры, включающий разработанный совместно с сотрудниками кафедры биофизики биологического факультета МГУ флуориметр «IPCP», а также импортные флуориметры фирмы (WALZ, Германия) -РАМ-2500, переносной импульсный флуориметр - анализатор фитопланктона, модель PHYTO-PAM (WALZ, Германия), многофункциональный анализатор эффективности растений M-PEA-2 (Hansatech Instruments Ltd., Великобритания), портативные флуориметры PAR-FluorPen FP 100 MAX-LM и AquaPen-C AP-C 100 (PSI, Чехия), культиватор для выращивания водорослей «Photobioreactor FMT-150» (PSI, Чехия)

 

Гранты

1. Госконтракт №68, проект №4.21 «Применение флуоресценции хлорофилла для мониторинга физиологического состояния зеленых насаждений в г. Якутске». 2005 г.

2.  Шайтан К.В.,Турлей Е.В., Николаев И.Н. Научный отчет по проекту РНП. 2,1,1, 2425 “Молекулярное моделирование структуры и динамики биологически активных веществ” Аналитической ведомственной целевой программы «Развитие научного потенциала высшей школы» (2006-2008) Регистр. номер 01200805241 от 05.12.2008г.

3.  Шайтан К.В., Антонов М.Ю., Поликарпова Н.В., Шайтан А.К., Левцова О.В., Туманян В.Г., Власов П.К., Раменский В.Е. Научно-исследовательский отчет по проекту 02.512.11.2240  «Определение дополнительных активностей для коммерчески доступных химических соединений, имеющих терапевтическую, перспективу, в том числе для официально зарегистрированных лекарственных средств» ФЦНТП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы" , Регист. номер 01200962861 от 18.11.2009г.

4. Николаев И.Н., Шайтан К.В., Акимов М.П., Балабаев Н.К., Левцова О.В., Антонов М.Ю., Оршанский И.А., Шайтан А.К., Попинако А.В., Китаев А.С., Шебанова А.С., Акимова О.А., Боздаганян М.Е., Сотникова Т.В. «Изучение фундаментальных закономерностей связывания лигандов с белками-мишенями методами молекулярной динамики» АВЦП «Развитие научного потенциала высшей школы (2009-2010 годы)». Регист. номер 01200952984

5. Николаев И.Н., Шайтан К.В.,  Антонов М.Ю., Николаев И.Н. и др. «Молекулярное моделирование взаимодействия белков с низкомолекулярными лигандами с использованием суперкомпьютерных технологий» № Гос. Регистрации НИР; 01201254419   2012 г

 Статьи в рецензируемых отечественных журналах

1. А.А.Алексеев, Н.А.Никифорова, Ю.В.Казимирко, В.А.Осипов, Д.Н.Маторин Импульсный флуориметр для регистрации физиологического состояния листьев и коры растений. //Наука и образование. №1. 2007. С. 132-136

2.Л.К.Казаков, Д.Н.Маторин, А.А.Алексеев Ландшафтное планирование биоиндикационных исследований состояния и динамики лесных экосистем в зонах хозяйственных воздействий. //Бюллетень Московского общества испытателей природы. Отдел биологический. Т. 112. Выпуск 1. 2007. Приложение №1. Биотехнология. Экология. Охрана окружающей среды. С. 37-41

3. Д.Н.Маторин, В.А.Осипов, А.А.Алексеев, Г.А.Ващанов. Люминесценция водорослей для биотестирования водной среды. //Бюллетень Московского общества испытателей природы. Отдел биологический. Т. 112. Выпуск 1. 2007. Приложение №1. Биотехнология. Экология. Охрана окружающей среды. С. 67-69

4. А.А.Алексеев, Д.Н.Маторин, В.А.Осипов, П.С.Венедиктов. Исследование активности фотосинтеза феллодермы коры древесных растений флуоресцентным методом. //Вестник МГУ. сер. Биология. № 4. 2007.

5. Маторин Д.Н., Горячев С.Н., Осипов В.А., Орлова В.С., Алексеев А.А. Токсическое влияние различных наночастиц на параметры флуоресценции культур зеленых микроводорослей. //Естественные и технические науки. №3 (53). 2011. С. 128-130.

6. Осипов В.А., Алексеев А.А., Орлова В.С., Горячев С.Н., Лядский В.В., Пономарев В.Ю. О возможности использования флуоресценции хлорофилла для оценки токсического действия наноматериалов на природный фитопланктон. //Естественные и технические науки. №3 (53). 2011. С.131-133.

7. Алексеев А.А., Леонтьева Н.А., Степанова М.В. Изучение изменения активности фотосинтеза феллодермы коры древесных растений в осенне-зимний период. //Вестник ИрГСХА. Выпуск 44. Часть 6. 2011. С.14-20

8. Маторин Д.Н., Орлова В.С., Заядан Б.К., Гольцев В.Н., Алексеев А.А., Горячев С.Н. Изучение влияния углеродных нанотрубок на фотосинтез микроводорослей CLAMYDOMONAS REINHARDTII с использованием флуориметра М-РЕА 2 //Естественные и технические науки. №3 (59). 2012. С.114-136.

9. Маторин Н.А., Лихачева Н.Е., Братковская Л.Б, Алексеев А.А. Флуоресценции хлорофилла фитопланктона водоемов Звенигородской биостанции Московского государственного университета //Естественные и технические науки. №6 (62). 2012. С.137-138.

10. Алексеев А.А., Леонтьева Н.А., Одегова М.А., Тунгаратова Д.И., Иванов М.В.Флуоресцентные исследования физиологического состояния  DRACAENA DRACO L //Естественные и технические науки. 2013. № 2. С. 90-92.

11. Маторин Д.Н., Алексеев А.А., Горячев С.Н., Братковская Л.Б., Орлова В.С. Изучение особенностей фотосинтеза лишайников с использованием методов флуоресценции хлорофилла //Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности №3. 2013. С. 5-11

12. Тодоренко Д.А., Маторин Д.Н., Алексеев А.А., Тунгаратова Д.И., Орлова В.С. Изучение токсичности сульфата меди и наночастиц серебра с использованием флуоресценции микроводорослей SCENEDESMUS QUADRICAUDA //Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности. №1. 2014. С.25-31

13. Терешкина К.Б., Левцова О.В., Антонов М.Ю., Сравнительное изучение динамики конформационных степеней свободы в серии природных дипептидов. «Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова» Т. 4, №2,

14. Шайтан К.В., Терёшкина К.Б., Китаев А.С., Терёшкин Э.В., Левцова О.В., Антонов М.Ю., Акимов М.П. , Николаев И.Н. Конформационные переходы в ноотропном пептиде СЕМАКС и его №-концевых модификациях Биофизика. Т.53, №2

(вып.4), 2008, стр. 550-555

15. Шайтан К.В.,Терёшкина К.Б., Китаев А.С.,Терёшкин Э.В.,Левцова О.В.,Антонов М.Ю., Акимов М.П. , Кирпичников М.П., Николаев И.Н. Сравнительное изучение молекулярной динамики, диффузии и проницаемости по отношению к лигандам для биомембран с различным липидным составом. Биологические мембраны, Т. 25 (вып.1), 2008, стр. 75-83

16. Шайтан К.В., Николаев И.Н.  Молекулярное моделирование сложных биоструктур, содержащих мембранный компонент«Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова» Т. 5, №2, 2008, стр. 32-39

17. Николаев И.Н., О.В. Левцова,К.В. Шайтан Динамика зервамицина IIВ в воде и в метаноле  «Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова» Т. 6, №2, 2009, стр. 18-24

18. Николаев И.Н., Шайтан К.В., Антонов М.Ю., Турлей Е.В., Левцова О.В., Терёшкина К.Б. Молекулярная динамика и диффузия в биомембранах с различным липидным составом. Методы компьютерного моделирования для исследования полимеров и биополимеров, книжный дом «ЛИБРОКОМ», 2009, стр. 491-502

19. Николаев И.Н., Шайтан К.В., Турлей Е.В., Голик Д.Н. Шайтан К.В., Турлей Е.В.,Голик Д.Н. Молекулярный дизайн наноконтейнеров на основе углеродных нанострубок. Методы компьютерного моделирования для исследования полимеров и биополимеров, книжный дом «ЛИБРОКОМ», 2009, стр. 505-516

20. Николаев И.Н., Левцова О.В., Шайтан А.К.,  Шайтан К.В. Взаимодействие зервамицина IIВ с липидными бислоями. «Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова» Т. 7, №1, 2010, стр.52-64

21. Николаев И.Н., Науменкова Т.В., Левцова О.В., Шайтан К.В. Сравнительные исследования структурных свойств мелиттина в воде и 33%-ном ТФЭ методом молекулярной динамики Биофизика, 2010, 55 (1), с.1-6

22. Naumenkova T.V., Levsova O. V., Shaitan K.V. COMPARATIVE MOLECULAR DYNAMICS STUDY OF THE STRUCTURAL PROPERTIES OF MELITTIN IN WATER AND TRIFLUOROETHANOL/WATER Biophysics, 2010, v. 55,№1, p24-28

23. Николаев И.Н., Науменкова Т.В., Николаев И.Н, Антонов М.Ю., Шайтан К.В. Влияние аминокислотной замены про11-ала11 на структурно-функциональные свойства антимикробного пептида буфорина-2 Биофизика,2012,Т.57,вып.6,с.989-999

24. Николаев И.Н., Попинако А.В., Антонов М.Ю., Шайтан К.В. Структурная и динамическая модель серотонинового 5-НТ3 рецептора человека. Сравнительный анализ структуры канальной части пентамерных лиганд-зависимых ионных каналов» Биофизика, 2011, Т. 56, № 6, стр. 1111-1116.

25. Левцова О.В., Антонов М.Ю. Шайтан А.К.  Оршанский.И.А., Николаев И.Н., Шайтан К.В. Молекулярная динамика зервамицина II и его аналогов в воде и метаноле. биофизика, 2005 т.54 № 54 стр 616-641

Монографии:

1.Д.Н.Маторин, А.А.Алексеев Флуоресценция хлорофилла для биодиагностики растений. //М.: ООО "ПКЦ Альтекс", 2013. - 364 с.

2. Шайтан К.В. , Николаев И.Н. Молекулярное моделирование пептидных структур. Якутск, 2007

3. Николаев И.Н., Шайтан К.В., Левцова О.В. Динамика взаимодействия антимикробных пептидов с биомембранами . Изд-во Якутского госуниверситета, 2008г.

4. Николаев И.Н., Левцова О.В.Шайтан К.В. Динамика взаимодействия антимикробных пептидов с биомембранами.  Изд-во LAP Lambert Academic Publishing, Германия, 2012

Учебные пособия

1. Алексеев А.А., Осипов В.А., Маторин Д.Н.Метод определения функционального состояния растений по флуоресценции хлорофилла. Учебное пособие. Гриф УМО г. Москва Изд. ЯГУ. Якутск. 2006. 65 с.

2. Николаев И.Н., Харбина М.А. Задачи по физике ч.1 Учебно-практическое пособие, Якутск, 2004  (гриф ДВ РУМЦ)

3. Николаев И.Н., Харбина М.А.Задачи по физике , ч.2 Учебно-практическое пособие, Якутск, 2004  (гриф ДВ РУМЦ

4. Кычкин И.С., Суздалов И.И., Слепцов А.А., Слепцов Л.Е. Качество преподавания цикла общечеловеческих и естественно-научных дисциплин Материалы межрегиональной Научно-методической конференции 2-3 февраля 2005

5. Николаев И.Н., И.С., Суздалов И.И., Слепцов А.А., Слепцов Л.Е. Контрольные задачи и вопросы по курсу общей физики Учебное пособие, Якутск, 2004 (гриф ДВ РУМЦ)

6. Харбина М.А. Задачи по физике Изд. ЯГУ, 2005 Учебно-практическое пособие. (гриф ДВ РУМЦ)

7. Николаев И.Н.,  Шайтан К.В.,  Голик Д.Н. Молекулярная динамика наноструктур. Пособие по практическому занятию, г. Якутск, 2008

8.Николаев И.Н., Харбина М.А.  Сборник задач по физике. Учебное пособие, г. Якутск, 2008

9. Николаев И.Н., Шайтан А.К., Шайтан К.В. Учебно-методическое пособие по работе с вычислительным кластером для решения задач молекулярного моделирования Учебно-методическое пособие, г. Якутск, изд-во ЯГУ, 2009

10. Николаев И.Н., Шайтан К.В. Методическая разработка по применению суперкомпьютеров для моделирования биомакромолекул . Издательско-полиграфический комплекс СВФУ, 2010

11. Николаев И.Н., Шайтан А.К.Шайтан К.В. Молекулярное моделирование. Учебное пособие Издательско-полиграфический комплекс СВФУ, 2012

12. Шайтан А.К. Николаев И.Н. Шайтан К.В. Основы моделирования взаимодействий белок–лиганд. Якутск, 2013 стр 67