• ЭИОС

Учебно-научная лаборатория Биофизики

Создана в 2012 году на базе кафедры общей и экспериментальной физики.

Учебно-научная лаборатория биофизики занимается изучением механизмов регуляции фотосинтеза и адаптации фотосинтетического аппарата высших растений и водорослей к условиям среды.

Материальная база лаборатории биофизики содержит современный комплекс флуоресцентной аппаратуры, включающий разработанный совместно с сотрудниками кафедры биофизики биологического факультета МГУ флуориметр «IPCP», а также импортные флуориметры фирмы (WALZ, Германия) -РАМ-2500, переносной импульсный флуориметр - анализатор фитопланктона, модель PHYTO-PAM (WALZ, Германия), многофункциональный анализатор эффективности растений M-PEA-2 (Hansatech Instruments Ltd., Великобритания), портативные флуориметры PAR-FluorPen FP 100 MAX-LM и AquaPen-C AP-C 100 (PSI, Чехия), культиватор для выращивания водорослей «Photobioreactor FMT-150» (PSI, Чехия).

Гранты: 
1. Госконтракт №68, проект №4.21 «Применение флуоресценции хлорофилла для монито-ринга физиологического состояния зеленых насаждений в г. Якутске». 2005 г. 
2.  Шайтан К.В.,Турлей Е.В., Николаев И.Н. Научный отчет по проекту РНП. 2,1,1, 2425 “Молекулярное моделирование структуры и динамики биологически активных веществ” Аналитической ведомственной целевой программы «Развитие научного потенциала выс-шей школы» (2006-2008) Регистр. номер 01200805241 от 05.12.2008г. 
3.  Шайтан К.В., Антонов М.Ю., Поликарпова Н.В., Шайтан А.К., Левцова О.В., Туманян В.Г., Власов П.К., Раменский В.Е. Научно-исследовательский отчет по проекту 02.512.11.2240  «Определение дополнительных активностей для коммерчески доступных химических соединений, имеющих терапевтическую, перспективу, в том числе для офи-циально зарегистрированных лекарственных средств» ФЦНТП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы" , Регист. номер 01200962861 от 18.11.2009г. 
4. Николаев И.Н., Шайтан К.В., Акимов М.П., Балабаев Н.К., Левцова О.В., Антонов М.Ю., Оршанский И.А., Шайтан А.К., Попинако А.В., Китаев А.С., Шебанова А.С., Аки-мова О.А., Боздаганян М.Е., Сотникова Т.В. «Изучение фундаментальных закономерно-стей связывания лигандов с белками-мишенями методами молекулярной динамики» АВЦП «Развитие научного потенциала высшей школы (2009-2010 годы)». Регист. номер 01200952984 
5. Николаев И.Н., Шайтан К.В.,  Антонов М.Ю., Николаев И.Н. и др. «Молекулярное мо-делирование взаимодействия белков с низкомолекулярными лигандами с использованием суперкомпьютерных технологий» № Гос. Регистрации НИР; 01201254419, 2012 г.

Статьи в рецензируемых отечественных журналах    
1. А.А.Алексеев, Н.А.Никифорова, Ю.В.Казимирко, В.А.Осипов, Д.Н.Маторин Импульс-ный флуориметр для регистрации физиологического состояния листьев и коры растений. //Наука и образование. №1. 2007. С. 132-136    
2.Л.К.Казаков, Д.Н.Маторин, А.А.Алексеев Ландшафтное планирование биоиндикацион-ных исследований состояния и динамики лесных экосистем в зонах хозяйственных воз-действий. //Бюллетень Московского общества испытателей природы. Отдел биологиче-ский. Т. 112. Выпуск 1. 2007. Приложение №1. Биотехнология. Экология. Охрана окру-жающей среды. С. 37-41 
3. Д.Н.Маторин, В.А.Осипов, А.А.Алексеев, Г.А.Ващанов. Люминесценция водорослей для биотестирования водной среды. //Бюллетень Московского общества испытателей при-роды. Отдел биологический. Т. 112. Выпуск 1. 2007. Приложение №1. Биотехнология. Экология. Охрана окружающей среды. С. 67-69 
4. А.А.Алексеев, Д.Н.Маторин, В.А.Осипов, П.С.Венедиктов. Исследование активности фотосинтеза феллодермы коры древесных растений флуоресцентным методом. //Вестник МГУ. сер. Биология. № 4. 2007. 
5. Маторин Д.Н., Горячев С.Н., Осипов В.А., Орлова В.С., Алексеев А.А. Токсическое влияние различных наночастиц на параметры флуоресценции культур зеленых микрово-дорослей. //Естественные и технические науки. №3 (53). 2011. С. 128-130. 
6. Осипов В.А., Алексеев А.А., Орлова В.С., Горячев С.Н., Лядский В.В., Пономарев В.Ю. О возможности использования флуоресценции хлорофилла для оценки токсического действия наноматериалов на природный фитопланктон. //Естественные и технические науки. №3 (53). 2011. С.131-133. 
7. Алексеев А.А., Леонтьева Н.А., Степанова М.В. Изучение изменения активности фото-синтеза феллодермы коры древесных растений в осенне-зимний период. //Вестник ИрГС-ХА. Выпуск 44. Часть 6. 2011. С.14-20 
8. Маторин Д.Н., Орлова В.С., Заядан Б.К., Гольцев В.Н., Алексеев А.А., Горячев С.Н. Изучение влияния углеродных нанотрубок на фотосинтез микроводорослей CLAMYDOMONAS REINHARDTII с использованием флуориметра М-РЕА 2 //Естественные и технические науки. №3 (59). 2012. С.114-136. 
9. Маторин Н.А., Лихачева Н.Е., Братковская Л.Б, Алексеев А.А. Флуоресценции хлоро-филла фитопланктона водоемов Звенигородской биостанции Московского государствен-ного университета //Естественные и технические науки. №6 (62). 2012. С.137-138. 
10. Алексеев А.А., Леонтьева Н.А., Одегова М.А., Тунгаратова Д.И., Иванов М.В.Флуоресцентные исследования физиологического состояния  DRACAENA DRACO L //Естественные и технические науки. 2013. № 2. С. 90-92. 
11. Маторин Д.Н., Алексеев А.А., Горячев С.Н., Братковская Л.Б., Орлова В.С. Изучение особенностей фотосинтеза лишайников с использованием методов флуоресценции хлоро-филла //Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Экология и безопас-ность жизнедеятельности №3. 2013. С. 5-11 
12. Тодоренко Д.А., Маторин Д.Н., Алексеев А.А., Тунгаратова Д.И., Орлова В.С. Изуче-ние токсичности сульфата меди и наночастиц серебра с использованием флуоресценции микроводорослей SCENEDESMUS QUADRICAUDA //Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности. №1. 2014. С.25-31 
13. Терешкина К.Б., Левцова О.В., Антонов М.Ю., Сравнительное изучение динамики конформационных степеней свободы в серии природных дипептидов. «Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова» Т. 4, №2, 
14. Шайтан К.В., Терёшкина К.Б., Китаев А.С., Терёшкин Э.В., Левцова О.В., Антонов М.Ю., Акимов М.П. , Николаев И.Н. Конформационные переходы в ноотропном пептиде СЕМАКС и его №-концевых модификациях Биофизика. Т.53, №2 
(вып.4), 2008, стр. 550-555 
15. Шайтан К.В.,Терёшкина К.Б., Китаев А.С.,Терёшкин Э.В.,Левцова О.В.,Антонов М.Ю., Акимов М.П. , Кирпичников М.П., Николаев И.Н. Сравнительное изучение моле-кулярной динамики, диффузии и проницаемости по отношению к лигандам для биомем-бран с различным липидным составом. Биологические мембраны, Т. 25 (вып.1), 2008, стр. 75-83 
16. Шайтан К.В., Николаев И.Н.  Молекулярное моделирование сложных биоструктур, содержащих мембранный компонент«Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова» Т. 5, №2, 2008, стр. 32-39 
17. Николаев И.Н., О.В. Левцова,К.В. Шайтан Динамика зервамицина IIВ в воде и в метаноле  «Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова» Т. 6, №2, 2009, стр. 18-24 
18. Николаев И.Н., Шайтан К.В., Антонов М.Ю., Турлей Е.В., Левцова О.В., Терёшкина К.Б. Молекулярная динамика и диффузия в биомембранах с различным липидным соста-вом. Методы компьютерного моделирования для исследования полимеров и биополиме-ров, книжный дом «ЛИБРОКОМ», 2009, стр. 491-502 
19. Николаев И.Н., Шайтан К.В., Турлей Е.В., Голик Д.Н. Шайтан К.В., Турлей Е.В.,Голик Д.Н. Молекулярный дизайн наноконтейнеров на основе углеродных нанострубок. Методы компьютерного моделирования для исследования полимеров и биополимеров, книжный дом «ЛИБРОКОМ», 2009, стр. 505-516 
20. Николаев И.Н., Левцова О.В., Шайтан А.К.,  Шайтан К.В. Взаимодействие зервамицина IIВ с липидными бислоями. «Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова» Т. 7, №1, 2010, стр.52-64 
21. Николаев И.Н., Науменкова Т.В., Левцова О.В., Шайтан К.В. Сравнительные исследования структурных свойств мелиттина в воде и 33%-ном ТФЭ методом молекулярной динамики Биофизика, 2010, 55 (1), с.1-6 
22. Naumenkova T.V., Levsova O. V., Shaitan K.V. COMPARATIVE MOLECULAR DYNAMICS STUDY OF THE STRUCTURAL PROPERTIES OF MELITTIN IN WATER AND TRIFLUOROETHANOL/WATER Biophysics, 2010, v. 55,№1, p24-28 
23. Николаев И.Н., Науменкова Т.В., Николаев И.Н, Антонов М.Ю., Шайтан К.В. Влияние аминокислотной замены про11-ала11 на структурно-функциональные свойства антимикробного пептида буфорина-2 Биофизика,2012,Т.57,вып.6,с.989-999 
24. Николаев И.Н., Попинако А.В., Антонов М.Ю., Шайтан К.В. Структурная и динамическая модель серотонинового 5-НТ3 рецептора человека. Сравнительный анализ структуры канальной части пентамерных лиганд-зависимых ионных каналов» Биофизика, 2011, Т. 56, № 6, стр. 1111-1116. 
25. Левцова О.В., Антонов М.Ю. Шайтан А.К.  Оршанский.И.А., Николаев И.Н., Шайтан К.В. Молекулярная динамика зервамицина II и его аналогов в воде и метаноле. биофизика, 2005 т.54 № 54 стр 616-641    
Монографии: 
1.Д.Н.Маторин, А.А.Алексеев Флуоресценция хлорофилла для биодиагностики растений. //М.: ООО "ПКЦ Альтекс", 2013. - 364 с. 
2. Шайтан К.В. , Николаев И.Н. Молекулярное моделирование пептидных структур. Якутск, 2007 
3. Николаев И.Н., Шайтан К.В., Левцова О.В. Динамика взаимодействия антимикробных пептидов с биомембранами . Изд-во Якутского госуниверситета, 2008г. 
4. Николаев И.Н., Левцова О.В.Шайтан К.В. Динамика взаимодействия антимикробных пептидов с биомембранами.  Изд-во LAP Lambert Academic Publishing, Германия, 2012    
Учебные пособия 
1. Алексеев А.А., Осипов В.А., Маторин Д.Н.Метод определения функционального со-стояния растений по флуоресценции хлорофилла. Учебное пособие. Гриф УМО г. Москва Изд. ЯГУ. Якутск. 2006. 65 с. 
2. Николаев И.Н., Харбина М.А. Задачи по физике ч.1 Учебно-практическое пособие, Якутск, 2004  (гриф ДВ РУМЦ) 
3. Николаев И.Н., Харбина М.А.Задачи по физике , ч.2 Учебно-практическое пособие, Якутск, 2004  (гриф ДВ РУМЦ 
4. Кычкин И.С., Суздалов И.И., Слепцов А.А., Слепцов Л.Е. Качество преподавания цикла общечеловеческих и естественно-научных дисциплин Материалы межрегиональной Научно-методической конференции 2-3 февраля 2005 
5. Николаев И.Н., И.С., Суздалов И.И., Слепцов А.А., Слепцов Л.Е. Контрольные задачи и вопросы по курсу общей физики Учебное пособие, Якутск, 2004 (гриф ДВ РУМЦ) 
6. Харбина М.А. Задачи по физике Изд. ЯГУ, 2005 Учебно-практическое пособие. (гриф ДВ РУМЦ) 
7. Николаев И.Н.,  Шайтан К.В.,  Голик Д.Н. Молекулярная динамика наноструктур. По-собие по практическому занятию, г. Якутск, 2008 
8.Николаев И.Н., Харбина М.А.  Сборник задач по физике. Учебное пособие, г. Якутск, 2008 
9. Николаев И.Н., Шайтан А.К., Шайтан К.В. Учебно-методическое пособие по работе с вычислительным кластером для решения задач молекулярного моделирования Учебно-методическое пособие, г. Якутск, изд-во ЯГУ, 2009 
10. Николаев И.Н., Шайтан К.В. Методическая разработка по применению суперкомпью-теров для моделирования биомакромолекул . Издательско-полиграфический комплекс СВФУ, 2010 
11. Николаев И.Н., Шайтан А.К.Шайтан К.В. Молекулярное моделирование. Учебное по-собие Издательско-полиграфический комплекс СВФУ, 2012 
12. Шайтан А.К. Николаев И.Н. Шайтан К.В. Основы моделирования взаимодействий белок–лиганд. Якутск, 2013 стр 67