Магистерская программа по направлению подготовки 39.04.01 «Социология» с 2012 по 2016 годы называлась «Комплексный социальный анализ», с 2016 года открылась программа «Социология региона». Форма обучения очная. Выпускникам по окончанию магистратуры присуждается степень магистр. Руководитель магистерской программы «Социология региона» кандидат экономических наук, доктор социологических наук, профессор Борисова Ульяна Семеновна. Борисова У.С. работала заведующий социологической лабораторией, заведующий кафедрой социологии и управления персоналом. Борисова У.С. имеет больше 160 опубликованных и приравненных к ним научных и учебно-методических работ. Из них более 10 учебно-методических работ, более 10 монографий, в том числе коллективных по результатам проведенных социологических исследований. Борисова У.С. имеет более 20 публикаций в рецензируемых журналах ВАК РФ

Магистерская программа по направлению подготовки 38.04.04  – Государственное и муниципальное управление: программа «Государственное и муниципальное управление социально-экономическим развитием сельских территорий Севера», очная и заочная формы обучения. Программа работает с 2013 года.  Руководитель программы директор Экспертно-консалтингового центра ФЭИ, доцент кафедры социологии и управления персоналом, кандидат социологических наук Романова Оксана Дмитриевна. Романова О.Д. является лидером тематической сети Университета Арктики "Местное и региональное развитие на Севере", организатором международной конференции Гаргиа-Октемцы. Международная конференция ежегодно проходит в стенах СВФУ. В рамках магистерской программы магистранты проходят практику в органах государственной и муниципальной власти, разрабатывают проекты по социально-экономическому развитию северных территорий. Романова О.Д. является руководителем КПК по проектному управлению для государственных и муниципальных служащих, для педагогов сельской местности и для руководителей предприятий и организаций. Романова О.Д. автор научных разработок в области развития северных территорий, автор учебного пособия по проектному управлению. Романова О.Д. является разработчиком программ СЭР многих муниципальных образований Республики Саха (Якутия). Романова О.Д. ежегодно участвует в грантах и руководит хоздоговорными работами.

Магистерская программа 38.04.03 Управление персоналом: программа «Управление человеческими ресурсами» открыта в 2016 году. Формы обучения: очная и заочная. Руководитель программы зав. кафедрой, кандидат экономических наук Михайлова Анна Викторовна. Михайлова А.В. закончила аспирантуру в Государственном университете управления на кафедре управление персоналом. Основная миссия программы – подготовка управленческих кадров для управления самым ценным ресурсом любого предприятия – персоналом. Магистранты кафедры активно занимаются научными исследованиями, участвуют в стажировках, в грантах. На программу поступили магистранты из КНР, которые успешно осваивают управленческие дисциплины.