Указом Президента Республики Саха (Якутия) от 6 февраля 1993 года был создан Научно –исследовательский институт прикладной математики и информатики при Якутском государственном университете имени М.К. Аммосова на базе математического факультета ЯГУ и Отдела прикладной математики Якутского научного центра СО РАН – с целью интеграции научных исследований и учебного процесса, подготовки научных и научно-педагогических кадров в области математики и информатики. Бессменным директором института со дня его основания и по сей день является профессор Егоров Иван Егорович.

С января 1994 года институтом начал издаваться научный журнал «Математические заметки ЯГУ» с периодичностью 2 номера в год. Он в 2010 году был включен и по сей день входит в Перечень ВАК РФ. С января 2014 года журнал выходит 4 раза в год под названием «Математические заметки СВФУ». Также он входит в российскую базу данных по математике Math-Net. В последние годы проводится работа по продвижению журнала с целью его включения в международную наукометрическую базу данных Scopus. Главный редактор – проф. И.Е. Егоров, заместители главного редактора – проф. А.И. Кожанов, проф. С.В. Попов, ответственный секретарь – д.ф.-м.н. Ф.М. Федоров (1994 - 2013), А.В. Прокопьев (2014 – н/в).  

С 1994 года институт на регулярной основе проводит Международную конференцию по математическому моделированию при финансовой поддержке РФФИ. В 2017 году она была проведена уже в 8-й раз, причем впервые в истории республики был издан сборник трудов конференции в зарубежном издании, индексируемом в базах данных Web of Science, Scopus (AIP Conference Proceedings). Институт также является исполнителем гос. задания РС (Я) по организации и проведению ежегодных Лаврентьевских чтений Республики Саха (Якутия) со дня их учреждения в 1997 году Президентом РС (Я).

В 2001 году был утверждена новая редакция Устава института, он стал именоваться Государственное учреждение «Научно-исследовательский институт математики при Якутском государственном университет им. М.К. Аммосова». В декабре 2004 года приказом Министерства образования и науки РФ был создан диссертационный совет К 212.306.04 при ЯГУ по защите кандидатских диссертаций по специальности 01.01.02 – дифференциальные уравнения, костяк которого составили сотрудники НИИ математики при ЯГУ (председатель – профессор И.Е. Егоров, зам. председателя – профессор С.В. Попов, ученый секретарь – доцент В.Е. Федоров). На этом совете до 2012 года были успешно защищены 15 кандидатских диссертаций выпускниками очной аспирантуры ЯГУ.

В 2007 году институт был передан в федеральную собственность и получил наименование: Федеральное государственное научное учреждение «Научно-исследовательский институт математики при Якутском государственном университете имени М.К. Аммосова». В 2011 году он был реорганизован путем присоединения к другому юридическому лицу – Северо-Восточному федеральному университету имени М.К. Аммосова.

В настоящее время НИИ математики СВФУ занимает лидирующие позиции по научным публикациям среди всех подразделений университета. А по результатам всех показателей научной деятельности он второй год подряд занимает 1 место в рейтинге НИИ СВФУ.

В институте выполняются исследования по государственному заданию Минобрнауки России, а также по грантам РФФИ. Научные сотрудники НИИ математики принимают участие в учебном процессе Института математики и информатики СВФУ, руководят курсовыми, выпускными работами студентов, магистерскими и кандидатскими диссертациями.

12 июля 2018 года в здании Академии наук Республики Саха (Якутия) состоялись мероприятия, посвященные 25-детию НИИ математики СВФУ. На расширенном заседании Ученого совета НИИ математики после доклада его директора Ивана Егорова коллектив института, его ветеранов и гостей поздравили I заместитель министра образования и науки РС (Я) Михаил Присяжный, председатель Президиума Якутского научного центра СО РАН Михаил Лебедев, и.о. президента, вице-президень АН РС (Я) Андрей Матвеев, проректор СВФУ Алексей Голиков, а также от имени гостей – профессор Александр Кожанов из Института математики им. С.Л. Соболева СО РАН (Новосибирск). Научным сотрудникам НИИ математики были вручены почетные грамоты Министерства образования и науки РС (Я), Академии наук РС (Я), благодарственные письма от ректора СВФУ. Приглашенные гости из Новосибирска, Москвы и Ханты-Мансийска, давние партнеры института, также были отмечены наградами за многолетнее плодотворное сотрудничество. Особо отметим, что первым лауреатом премии имени Наумова Виктора Валентиновича, самого одаренного ученика народного учителя СССР Михаила Андреевича Алексеева (по признанию самого М.А. Алексеева), стала старший научный сотрудник НИИ математики, к.ф.-м.н. Потапова Саргылана Викторовна. Эту премию учредили ученики Наумова В.В., который много лет работал на физическом факультете ЯГУ, и в последние несколько лет жизни – в НИИ математики.                    

После перерыва на кофе-брейк состоялся Всероссийский научный семинар «Неклассические уравнения математической физики и их приложения», на котором с 20-минутными докладами выступили профессора из Новосибирска, Москвы и Ханты-Мансийска, а также ведущие ученые СВФУ. Заключительным мероприятием юбилея НИИ математики СВФУ для гостей и руководства института стал речной круиз на теплоходе «Демьян Бедный», который был организован в рамках культурной программы Международных интеллектуальных игр.