북동연방대학교는 4개의 캠퍼스를 기초로, 주요 캠퍼스는 사하공화국(야쿠티아)의 수도인 야쿠츠크에, 나머지 세 캠퍼슨는 밀느이, 뉴린그리와 추콧트가에 위치하고 있다. 북동연방대학교에는 다음과 같은 대학과 학과가 있다:
| 의대 |
| 금융-경제학 대학 |
| 수학 및 정보학 대학 |
| 물리공과대학 |
| 공학 기술 대학교 |
| 스포츠학 대학교 |
| 외국어 및 지역학 대학 |
| 심리학 대학 |
| 러시아 연방 북동부 지역 언어와 문화 대학교 |
| 이공과 대학 |
| 자연학 대학 |
| 광산 대학교 |
| 사범대학 |
| 역사학부 |
| 언어학부 |
| 법학부 |
| 도로 건설 학부 |
| 지질학 및 발굴 학부 |
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