L'Université fédérale du Nord-Est est basée sur quatre campus. Le campus principal de l'université est situé à Iakoutsk, la capitale de la République de Sakha (Yakoutie). Trois autres campus se trouvent à Mirny, Nerungry et Chukotka.

L'Université fédérale du Nord-Est comprend les instituts et facultés suivants :

Instituts:

Institut de Médecine

Institut des Finances et de l'Economie

Institut de Mathématiques et des Sciences de l'Information

Institut de Physique et Technologies

Institut de Langues Modernes et d'études Internationales

Institut de Psychologie

Institut des Langues et Cultures des Peuples du Nord-Est

Institut de Formation des Enseignants

Institut d'Ingénierie et de Technologie

Institut des Sciences Naturelles

Institut des Mines 

Facultés:

Faculté d'Histoire

Faculté de Philologie

Faculté de Droit

Faculté de Construction Routière

Faculté de Géologie et de Topographie

Branches:

Neryungri Technical Institute (branch) of North-Eastern Federal University

Mirny Polytechnic Institute (branch) of North-Eastern Federal University

Chukotka branch of North-Eastern Federal University

Instituts de recherche scientifique:

Research Institute of Regional Economy of the North

Research Institute of Applied Ecology of the North

Research Institute of Mathematics

Research Institute of Olonkho

Institute of A. E Kulakovsky

L'éducation supplémentaire:

Institute of Additional Professional Education

Faculty of Pre-Undergraduate Education 

N.G. Solomonov House of Scientific Collaboration

Département universitaire:

Department of Philosophy 

International UNESCO Chair  at M.K. Ammosov North-Eastern Federal University "Social and Human Adaptation of the Arctic Regions to Climate Change”