东北联邦大学工作重点之一是开发硕士课程。其培训范围每年不断增加 - 今年大学有八个科学领域134个方向的硕士课程。2017年我校520名硕士顺利毕业，而其中360名已就业。

另外，东北联邦大学与北方（北极）联邦大学，乌拉尔联邦大学和喀山联邦大学实行共同网络硕士班。最近几年经济学，法学，数学和自然科学领域的硕士专业在东北联邦大学学生中最热门。

东北联邦大学俄语学院硕士毕业生安丽娜·塔拉布吉娜：«在东北联邦大学读研的主要优点是学生可以一边工作一边学习，因为课不多，老师们也经常理解我们。在东北联邦大学读研的两年内学生获得很多知识和经验，而且授予硕士学位，这就是一个很宝贵的经验»。