Институт создан Указом Президента Республики Саха (Якутия) от 25 декабря 1995 года № 1265 как Научно-исследовательское учреждение - Институт здоровья Академии наук Республики Саха (Якутия), приказом Рособразования от 8 июня 2007 года № 1007 переименован в Федеральное государственное научное учреждение "Институт здоровья". Согласно приказу Министерства образования и науки Российской Федерации от 4 февраля 2011 года № 157 ФГНУ "Институт здоровья" реорганизован в форме присоединения к федеральному государственному автономному образовательному учреждению высшего профессионального образования "Северо-Восточный федеральный университет имени М.К. Аммосова" в качестве обособленного структурного подразделения "Научно-исследовательский институт здоровья".

Институт выполняет исследовательскую деятельность в области естественных и гуманитарных наук

Направления научных исследований

- Разработка научных основ формирования и восстановления здоровья человека на Севере.

- Изучение проблем вилюйского энцефаломиелита и других дегенеративных заболеваний мозга.